《雷霆扫毒》毒品调查科行动组高级督察向荣（苗侨伟饰）嫉恶如仇，与情报组高级督察韦世乐（林峯饰）亦师亦友，合作无间，为警队屡破毒案。世乐在一次缉毒行动中，发现蛛丝马迹，向荣极有可能是勾结毒犯的神秘黑警。世乐开始暗中调查向荣，加上心术不正的行动组总督察潘学礼（黄智贤饰）从中挑拨，多年兄弟连番角力，矛盾重...重。　　另一方面，世乐因调查行动认识线人陈家碧（徐子珊饰），两人暗生情愫，但家出身低微，自卑感作祟，刻意逃情，并让爱予一直暗恋世乐的新扎师妹高希璇（官恩娜饰），三人之间有着微妙的感情关系。忍痛让爱的家碧最后走上不归路，选择投向黑帮大佬的怀抱，成为新一代毒后，贩运毒品，挑战警队。世乐痛心疾首，与向荣联手，跟家碧展开一幕幕的毒战。