舞台是公安9课还不是最重要的先遣冲锋部队A.D.2027。 在十分懂得权术、老谋深算的公安捜査的荒卷面前出现是——隶属于陆军501关的草薙素子三佐。拥有最高度的物理与电脑作战技能的她，和荒卷比起来显得不谙世事。不过这样的她也和荒卷共同行动，解决了很多犯罪事件。但这同样引起了501机关的注意，尤其是作为上司以及保护者的女野心家久留津中佐产生了摩擦。 与此同时，谜样的病毒“Fire Starter”出现了，在各种疑难事件群起之中，“拥有不眠之眼的前特部队队员”、“已经成家的特捜